
Κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του ’90, η οργάνωση φαινόταν αήττητη. Η αστυνομία είχε δύο ευκαιρίες να τους εξαρθρώσει, αρχικά στα Σεπόλια και αργότερα στην υπόθεση Ριανκούρ, αλλά και τις δύο φορές απέτυχε να τους πιάσει.
Το πρώτο περιστατικό σημειώθηκε τυχαία τον Νοέμβριο του 1991, όταν η ΕΛΑΣ ενημερώθηκε για μια απόπειρα κλοπής αυτοκινήτων από τα μέλη της 17Ν, που επρόκειτο να χρησιμοποιηθούν σε μελλοντικές επιθέσεις. Η αστυνομία αντέδρασε, ωστόσο οι τρομοκράτες, οπλισμένοι με όπλα και χειροβομβίδες, κατάφεραν να διασπάσουν τη ζώνη ασφαλείας και να διαφύγουν με ταξί. Δύο αστυνομικοί βρέθηκαν σοβαρά τραυματισμένοι κατά τη διάρκεια της έντονης συμπλοκής.
Ο Δημήτρης Κουφοντίνας, καταδικασμένος σε ισόβια και αρχιεκτελεστής της οργάνωσης, περιγράφει την εμπειρία: «Ήταν σουρεαλιστική εικόνα, έγινε χαμός, έπεσαν σφαίρες, χειροβομβίδες και ο ταξιτζής έλεγε “περιμένετε να μαζέψω τις εισπράξεις”. Όταν εγκαταλείψαμε το ταξί, γύρισα και το είδα, ήταν χιλιοτρυπημένο από σφαίρες, σουρωτήρι σκέτο. Παρά τρίχα γλιτώσαμε, μπορεί αυτή τη στιγμή να έψαχνες κάποιον άλλον να μιλήσεις.»
Τον Μάρτιο του 1992, η ΕΛΑΣ είχε μια ακόμη ευκαιρία που κατέληξε σε αποτυχία, γνωστή ως το «φιάσκο της Ριανκούρ». Μια ανώνυμη γυναίκα ενημέρωσε τις αρχές ότι οι τρομοκράτες θα συγκεντρώνονταν στην οδό Λουίζης Ριανκούρ για να επιτεθούν σε δικαστικό λειτουργό. Η αστυνομία κινητοποίησε δεκάδες αστυνομικούς και προετοίμασε μια επιχείρηση που περιλάμβανε ψεύτικα οχήματα. Δυστυχώς, η επαφή του αστυνομικού με το όχημα των τρομοκρατών σήμανε την αρχή της αποτυχίας. «Ήταν η μεγαλύτερη γκάφα ως τότε», δήλωσε ο Φώτης Παπαγεωργίου, τότε επικεφαλής της ομάδας ερευνών για τη 17Ν.
Ο Κουφοντίνας έκανε τη δική του δήλωση για την χαρακτηριστική αυτή ημέρα: «Είχαμε δει ένα αυτοκίνητο της ασφάλειας με 4 ανθρώπους, ξεκινήσαμε να φεύγουμε. Ο επικεφαλής αστυνομικός μάλλον αντιλήφθηκε τι συνέβαινε και όλα κύλησαν ομαλά.»
Το καλοκαίρι του 1992, η 17Ν αποπειράται να σκοτώσει τον υπουργό Οικονομικών Γιάννη Παλαιοκρασσά με ρουκέτα, αλλά αστοχεί, με αποτέλεσμα να σκοτωθεί ο φοιτητής Θάνος Αξαρλιάν, ο οποίος περνούσε τυχαία από την περιοχή. Αυτή η περιπέτεια έχει σημαντική επιρροή στην κοινή γνώμη, οδηγώντας σε αυξανόμενη πίεση στην αστυνομία, ενώ οι Αμερικανοί εκφράζουν την δυσαρέσκειά τους για την αναποτελεσματικότητα των ελληνικών αρχών.
Η δράση της οργάνωσης συνεχίζεται με άλλες επιθέσεις, όπως αυτή που σημειώθηκε το 1997, όταν δολοφονήθηκε ο εφοπλιστής Κώστας Περατικός. Το 1999, με την ανάληψη του υπουργείου Δημοσίας Τάξεως από τον Μιχάλη Χρυσοχοΐδη, η πίεση για αποτελέσματα αυξάνεται δραματικά. Ο ίδιος θυμάται χαρακτηριστικά την επιβαρυμένη επίσκεψη του πατέρα του δολοφονηθέντος Κώστα Περατικού στο γραφείο του, που του είπε: «Τι κάνεις εδώ και κάθεσαι; Δεν ντρέπεσαι λίγο;»
Οι πιέσεις των Αμερικανών κλιμακώνονται, εν όψει και των Ολυμπιακών Αγώνων, καθώς η δολοφονία του Βρετανού ταξιάρχου Στίβεν Σόντερς στην λεωφόρο Κηφισίας σηματοδοτεί την αρχή του τέλους για την τρομοκρατική οργάνωση.